O Conselho Diretor é o órgão que supervisiona e orienta o Instituto Teológico João Wesley, na qualidade de representante da Igreja Metodista.

Esse conselho é constituído por cinco (05) membros efetivos e dois (02) suplentes, membros da Igreja Metodista há pelo menos cinco (05) anos, preferencialmente especialistas nas áreas teológica e pedagógica, com mandato de quatro (04) anos, podendo ser reeleitos, por mais de um mandato. A partir do 38º Concílio Regional da Igreja Metodista na Segunda Região Eclesiástica, o Conselho Diretor do ITJW é composto por três integrantes do MAE (Ministério de Apoio Episcopal) e dois integrantes da COREAM (Coordenação Regional de Ação Missionária).

Os membros do Conselho Diretor não são remunerados e o Instituto Teológico não lhes atribui lucros, bonificações ou vantagens, sob qualquer forma ou pretexto.

Os atuais integrantes do Conselho Diretor do Instituto Teológico João Wesley são:
Paulo Francisco Chaves (Presidente) – representando o MAE
Clemir José Chagas (Vice-Presidente) – representando o MAE
Maria Inês Bohm Moccelin - (Secretária) – representando a COREAM
Dimorvan Trelha – vogal - representante do MAE
Maria Enilda R. da Silva – vogal – representante da COREAM
Mara Freitas – suplente – representante da COREAM
Paulo Roberto Bruhn – suplente – representante do MAE